Некоторые причины сокращения численности некоторых видов рыб в реке Томь:

• Загрязнение водоёма. 12 С середины 30-х по начало 90-х годов Томь была одной из самых загрязнённых рек страны. 1 Загрязнение произошло из-за воздействия промысловых и бытовых стоков Кузбасса. 12
• Нерегулируемый промысел. 12 Во второй половине прошлого века коммерческая рыболовная деятельность в Кемеровской и Томской областях постепенно снижалась из-за чрезмерного и неустойчивого перелова. 4
• Акклиматизационные работы. 12 В результате плановых акклиматизационных мероприятий и случайных вселенцев ихтиофауна Томи пополнилась несколькими видами. 4 При этом в современный период доминирующими стали представители карповых и окуневых рыб. 4
• Строительство плотин бобрами. 3 По мнению учёных, плотины, построенные этими животными, могут приводить к гибели молоди рыб, которая остаётся на зиму в нерестовых озёрах. 3

Также на изменение видового состава рыб в Томи повлияли высокая концентрация населения и другие антропогенные факторы. 12