Некоторые причины сокращения численности китовых акул:

• Промысел, в том числе браконьерский. 1 Долгое время основной угрозой была добыча акул рыбаками стран Южной и Юго-Восточной Азии, где мясо китовой акулы употреблялось в пищу. 1
• Столкновения с судами. 35 Китовые акулы уязвимы для гибели при столкновении с крупными судами, так как проводят много времени у поверхности океана и медленно реагируют на приближающийся корабль. 35
• Попадание в ловушки рыболовных снастей. 4

С 2003 года китовые акулы находятся под защитой международных торговых запретов. 35 Однако восстановление поголовья идёт медленно из-за медленного естественного воспроизводства. 1