Численность гарпий в дикой природе стремительно сокращается из-за вырубки лесов. 14 Люди вырубают высокие деревья, необходимые птицам для строительства гнёзд, и расчищают земли под нужды сельского хозяйства. 1 Если потери леса вокруг гнезда превышают 50%, гарпии не могут найти достаточно пищи для потомства, в результате птенцы гибнут от голода. 1

Также уязвимыми птиц делают медленные темпы размножения: одна пара раз в два-три года выводит всего одного птенца. 1

Ещё одна причина сокращения численности филиппинской гарпии — браконьерская охота. 3 Нередко птиц отстреливают ради мяса. 3 Иногда они случайно попадают в сети, расставленные на диких свиней и оленей. 3