Чёрный аист является редкой птицей на Байкале и в Забайкалье из-за деятельности человека. 12

Некоторые факторы, которые влияют на сокращение численности этих птиц:

• Вырубка лесов. 14 Чёрный аист предпочитает селиться в старых лесах, а в современных лесных хозяйствах старые непродуктивные деревья заменяют молодыми саженцами. 1
• Осушение болот. 12 Это приводит к высыханию значительной части водно-болотных угодий, а они являются основными кормовыми местами аистов. 3
• Лесные пожары. 3 Во время пожаров гибнут гнёзда и деградируют местообитания птиц. 5
• Браконьерство. 14 Известно несколько случаев браконьерского отстрела чёрного аиста. 5

Чёрный аист занесён в Красную книгу России и находится под охраной. 14