Чернозобая гагара занесена в Красную книгу России из-за сокращения численности и уменьшения ареала этой птицы. 1

Некоторые причины исчезновения чернозобой гагары:

• Осушительные работы и торфоразработки на верховых болотах. 4 Это привело к коренной трансформации болотных озёр. 4
• Интенсивное посещение берегов водоёмов рыболовами и отдыхающими. 4 Фактор беспокойства стал одним из основных факторов снижения численности гагар. 1
• Гибель птиц в рыболовных сетях. 34
• Загрязнение среды обитания, особенно нефтяное. 23
• Сокращение мест гнездования. 5

Вид сохраняется в основном в глухих малонаселённых местах или на особо охраняемых природных территориях. 1