Черношапочный сурок стал редким видом и был внесён в Красную книгу по нескольким причинам:
- Неблагоприятные условия окружающей среды. 1 Большая часть территорий высокогорий непригодна для обитания сурка, период без снега короткий, а запасы корма скудные. 1 Это ограничивает размножение вида. 1
- Антропогенное воздействие. 24 Бесконтрольная добыча в прошлом, браконьерство после введения запрета охоты на сурка. 2 Особенно пострадали популяции в период интенсивных геологоразведочных работ и строительства БАМа. 2
- Засуха. 3 В 2010 году зафиксировали резкий спад численности сурка, сразу после сильных пожаров, которые стали следствием засухи. 3 Есть предположение, что из-за потери растениями питательных свойств зверьки не успевали накопить жир и умирали в норах во сне. 3
Черношапочный сурок включён в Красные книги РФ, Республики Бурятия, Иркутской области, Забайкальского края. 3 Часть популяций охраняется в Баргузинском и Джергинском заповедниках. 1