Черноморская афалина находится под угрозой исчезновения из-за нескольких факторов: 34

• Рыболовство. 14 Животные гибнут в сетях, жаберных и траловых, а также от истощения, когда люди не оставляют им достаточного количества рыбы. 1
• Загрязнение побережья и моря. 1 Мусор и сточные воды негативно влияют на дельфинов. 1
• Незаконный отлов. 34 Несмотря на то, что отлов черноморской афалины запрещён с 2000-х годов, браконьеры продолжают отлавливать животных для дельфинариев. 13
• Шумовое воздействие. 4 К угнетению дельфинов приводит интенсивный сезонный морской туризм. 4

Черноморская афалина включена в Красную книгу РФ и в Красный список угрожаемых видов Международного союза охраны природы. 3