Река Чегем считается чистой и очень чистой, согласно результатам научных исследований. 1 Несколько причин, которые влияют на качество воды:
- Источник питания: в основном река питается талыми водами ледников и высокогорных снегов, что обеспечивает минимальную минерализацию воды. 35
- Сезонное изменение минерализации: в зимнюю межень река переходит на грунтовое питание, из-за чего минерализация воды увеличивается в 1,5–2 раза по сравнению с летним половодьем. 5
- Ультрапресная вода: по показателю общей минерализации вода Чегема в течение всего года относится к ультрапресной (менее 200 мг/л). 3
- Щелочной характер воды: в зимний период вода реки на всём протяжении характеризуется как щелочная, что может быть связано с присутствием карбонатов и гидрокарбонатов. 3
Загрязнение речных вод микроэлементами в верховье Чегема имеет природный геохимический и геоморфологический фон, что связано с их вымыванием из горных пород. 1