Цемесская бухта считается одним из опасных мест в Чёрном море по нескольким причинам:
  - Сложности с навигацией.                                                                          ru.wikipedia.org                       Вход в бухту ограничен островом Суджук с северо-запада и мысом Дооб с юго-востока.                                                                          ru.wikipedia.org                       В середине бухты находятся обширные Пенайские банки с минимальными глубинами 5–6 м.                                                                          ru.wikipedia.org                       Также опасность представляют затонувшие суда, их части и другие подводные препятствия.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Сильные ветры.                                                                          ru.wikipedia.org                       Осенью и зимой большую опасность для судоходства представляет ветер ураганной силы — норд-ост (бора).                                                                          ru.wikipedia.org                       Во время боры суда покрываются густой коркой ледяной пыли с наветреной стороны и переворачиваются под силой тяжести.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Аномальные явления.                                                                          dzen.ru                                                                                               kulturologia.ru                       Некоторые эксперты считают, что причиной трагедий и инцидентов в Цемесской бухте являются гравитационные и электромагнитные аномалии.                                                                          dzen.ru                                                                                               kulturologia.ru                       
  
 Кроме того, в истории бухты было множество происшествий, например, кораблекрушение пассажирского теплохода «Адмирал Нахимов» в 1986 году, авария на морском терминале Шесхарис в 1997 году и другие.                                                                          dzen.ru                                                                                               kulturologia.ru