Брандушка разноцветная считается редким растением Тамбовской области по нескольким причинам:

• Разрушение мест обитания. 2 Это происходит из-за распашки земли, выпаса скота, заготовки лекарственных и декоративных растений и других форм хозяйственной деятельности. 2
• Экстремальные климатические условия. 4 Брандушка зацветает ранней весной, почти сразу после схода снега, в период резких перепадов погоды. 4
• Толстый слой растительной подстилки. 4 Он образуется в результате полегания прошлогодней луговой травы и не даёт почве проветриться, из-за чего крошечная брандушка с трудом сквозь неё пробивается. 4

Эти факторы ведут к постепенной деградации популяции, уменьшению числа особей и сокращению площади произрастания. 3