Брандушка разноцветная считается редкой и охраняемой по нескольким причинам:

• Сокращение численности. 5 На протяжении более чем двух десятилетий наблюдается негативная тенденция снижения численности этого вида на территории европейской части России. 5
• Экстремальные условия произрастания. 2 Брандушка зацветает ранней весной, почти сразу после схода снега, в период резких перепадов погоды. 2
• Толстый слой растительной подстилки. 2 Он образуется в результате полегания прошлогодней луговой травы и не даёт почве проветриться, из-за чего крошечная (от 2 до 8 см) брандушка с трудом сквозь неё пробивается. 2
• Антропогенное воздействие. 5 К нему относятся сбор населением на букеты, выкапывание луковиц для пересадки на приусадебные участки и в частные коллекции, перевыпас, уничтожение местообитаний в результате распашки и иных видов преобразования. 5

Этот редкий вид занесён в Красные книги целого ряда российских регионов и других стран. 1