Большую голубую дыру считают одной из загадочных природных достопримечательностей по нескольким причинам:

• Множество теорий происхождения. 3 Некоторые учёные спорят о том, природная дыра или рукотворная. 4 Есть версии о внеземном происхождении, о том, что дыра образовалась в результате падения метеорита или НЛО. 24
• Идеальная круглая форма. 1 Эта особенность делает дыру привлекательной, но, по мнению некоторых исследователей, округлая форма продиктована особенностями процессов образования таких впадин, а идеальная окружность — дело случая. 1
• Уникальные обитатели. 4 Интерес учёных вызывают обитатели пещерного лабиринта, многие из которых могут быть неведомы науке. 4
• Опасность для судов. 2 Во время приливов на поверхности дыры образуются водовороты, которые способны поглотить всё, что плавает неподалёку, в том числе и лодки с людьми. 2
• Уникальный состав воды. 5 Он возник от взаимодействия морских и грунтовых вод, водоносных слоёв. 5 На воду влияют кораллы, губки, моллюски. 5