Большой Барьерный риф считается уязвимым природным объектом по нескольким причинам:

• Необходимость особых условий для роста кораллов. 1 Для них важна определённая температура воды (идеальная — 22–27 °C, минимальная — 17,5 °C) и уровень солёности. 13
• Влияние климатических изменений. 5 Повышение температуры воды и уровня моря наносит значительный ущерб рифу, вызывая его обесцвечивание (беление) и гибель. 5
• Деятельность природных хищников. 12 Например, морская звезда «терновый венец» питается коралловыми полипами и способна уничтожать большие площади рифа. 12
• Влияние деятельности человека. 1 Развитие туристической инфраструктуры приводит к загрязнению прибрежных морских вод. 1 Также негативно сказывается на состоянии рифа сброс вредных веществ из промышленных и сельскохозяйственных источников. 5
• Угроза от штормов. 4 Погодные явления физически повреждают риф, при этом в последние годы штормы становятся всё более сильными из-за потепления воды в океане. 4

Из-за уязвимости рифа на всей его протяжённости запрещены любые горные работы, добыча нефти и газа, а также коммерческая подводная охота. 15