Большинство крупных озёр Африки расположены в Восточно-Африканской рифтовой системе из-за тектонического происхождения их котловин. 14

Озера лежат на дне рифтовых впадин, которые стали заполняться водой практически с момента своего возникновения или возрождения в результате новейших движений земной коры. 24 Как правило, озёра располагаются в сбросовых впадинах (грабенах) в ряд, одно за другим, образуя длинные цепочки или гирлянды. 24

Например, в Западной ветви Восточно-Африканской рифтовой системы расположены озёра Альберт, Эдуард, Киву, Танганьика, Руква. 3 В Восточной ветви (рифт Грегори) — Баринго, Натрон, Эяси, Маньяра и другие. 3