Болотные черепахи считаются исчезающим видом в некоторых регионах по нескольким причинам:

• Уничтожение мест обитания. 2 К этому приводит осушение мелких водоёмов, изменение русла рек, мелиорация болот. 2
• Загрязнение водоёмов. 3 Зимой у черепах меняется тип дыхания, и они дышат кислородом, растворённым в воде. 3 Загрязнение зимовальных водоёмов приводит к гибели черепах. 3
• Незаконный сбор. 5 Из-за редкости черепахи ей угрожает незаконный сбор, часто для всемирной торговли домашними животными. 5
• Конкуренция с другими видами. 2 В некоторых областях болотная черепаха испытывает конкуренцию со стороны завезённого североамериканского вида пресноводных черепах — красноухой черепахи. 2
• Застройка новых кварталов и дорог. 5 Это затрудняет передвижение черепах между водно-болотными угодьями, препятствуя созданию новых колоний черепах. 5

В Европе болотная черепаха исчезла из многих частей своего ареала. 2 Вид занесён в Красные книги Белоруссии, Латвии, Литвы и Молдавии, а также Башкирии. 2