Богдинско-Баскунчакский заповедник считается уникальным для сохранения пустынной экосистемы по нескольким причинам:

• Расположение в полупустынной зоне. 1 На формирование флоры и растительности заповедника повлияли относительная молодость территории, разнообразие ландшафтов, форм рельефа, состава и глубины залегания грунтовых вод, континентальный климат. 1
• Богатый растительный мир. 2 В заповеднике зарегистрировано более 500 видов высших сосудистых растений. 2 Среди них есть редкие и находящиеся на границе своего распространения виды, большая часть которых является реликтовыми и эндемичными. 3
• Разнообразие животного мира. 2 На территории заповедника обитает свыше 40 видов млекопитающих, более 200 видов птиц, 13 видов пресмыкающихся, а также 2 вида земноводных. 2 Некоторые типы пернатых занесены в Красную книгу России. 2
• Наличие уникальных объектов. 3 В заповеднике и вблизи него находятся уникальные объекты Астраханской области: гора Большое Богдо, «Зелёный сад», урочище Шарбулак, карстовые поля, воронки, пещеры. 3
• Важность для миграций птиц. 35 Через территорию заповедника проходят миграции птиц с севера Сибири к местам зимовок. 5 Большая часть околоводных и водоплавающих пернатых останавливается в долине реки Горькая, где протекает сильно минерализованная вода. 5