Биологические фильтры важны в системе очистки водоёмов, потому что они позволяют эффективно перерабатывать загрязняющие элементы с помощью микроорганизмов. 5

Основное назначение биологического фильтра — превращение аммиака в нитриты, а нитритов в нитраты. 3 Эти реакции имеют большое значение, когда искусственный водоём заселён рыбой, поскольку аммиак — высокотоксичный продукт обмена, который выделяется многими водными организмами и является побочным продуктом жизнедеятельности многих бактерий. 3

Принцип работы биологических фильтров основан на способности отдельных микроорганизмов выборочно использовать органические примеси и отдельные неорганические соединения (азот, калий, фосфор, серу) для питания, извлечения необходимой для жизнедеятельности энергии, размножения. 5 В ходе таких процессов множество растворённых частиц, применяемых бактериями в качестве питательных веществ, подвергаются окислению, расщеплению на отдельные составляющие, а также полной нейтрализации. 5