Биологическая очистка разливов нефти считается ненадёжным методом по нескольким причинам:

• Медленный процесс. 1 Деструкция нефти идёт медленно: для полного уничтожения загрязнения нужны месяцы. 1
• Ограничение по широтам. 1 Микроорганизмы, используемые для очистки, активны только в южных широтах и практически бесполезны в арктических морях. 1
• Неэффективность по отношению к некоторым углеводородам. 1 Микроорганизмы охотно потребляют линейные парафиновые углеводороды, хуже разветвлённые и циклопарафины, и почти совсем не эффективны по отношению к ароматике, особенно полициклической. 1
• Проблемы с хранением запаса микроорганизмов. 1 В портах возникают сложности с хранением запаса микроорганизмов, особенно в зимнее время. 1
• Сложность очистки участков, глубоко пропитанных нефтепродуктами. 3 Бактериям нужен кислород, поэтому они «работают» больше на поверхности, чем в глубоких слоях почвы. 3
• Высокая стоимость применения на больших территориях. 3 Метод биологической деструкции достаточно дорог и экономически невыгоден для очистки больших территорий. 3

Биологический метод используют в качестве дополнительного инструмента на заключительном этапе ликвидации аварии после механического сбора нефти или использования сорбентов и диспергентов. 1