Бессточные озёра восприимчивы к экологическим проблемам, потому что они не имеют поверхностного или подземного стока, из-за чего вода в них накапливается в течение длительного времени, испаряется или просачивается в грунт. 23

Этот процесс приводит к постепенному накоплению минеральных солей, что делает воду в таких озёрах часто солёной или даже гиперсолёной. 2 Из-за отсутствия стока соли, приносимые реками, накапливаются в озере, повышая его солёность. 2

Кроме того, на бессточные озёра негативно влияет деятельность человека, например сброс сточных вод, удобрений и других загрязнителей, что может привести к ухудшению качества воды и гибели живых организмов. 2