Белоклювая гагара находится на грани исчезновения по нескольким причинам:

• Гибель в рыболовных сетях. 13 Птицы часто гибнут как в гнездовом ареале, так и на зимовках. 3
• Охота и браконьерство. 3 В гнездовое время взрослые гагары иногда добываются аборигенным населением в пищу или ради шкурок. 1
• Загрязнение водоёмов, особенно нефтепродуктами. 24 Как и другие водоплавающие птицы, белоклювые гагары очень чувствительны к загрязнению. 2
• Гибель кладок и новорождённых птенцов от наземных (песцы) и пернатых (крупные чайки, вороны) хищников. 1 Зачастую эта гибель бывает спровоцирована людьми, поскольку белоклювые гагары при беспокойстве надолго покидают гнезда и длительное время не возвращаются к ним. 1

Белоклювая гагара занесена в Красную книгу Российской Федерации как вид третьей категории (редкий, спорадично распространённый вид). 1