Байкал считается уникальным водоёмом с точки зрения экологии по нескольким причинам:

• Древний возраст. 2 Это позволило сформировать стабильную климаксовую экосистему, способную справляться с различными воздействиями. 2
• Уникальная система вертикального водообмена. 1 Дважды в год происходят значительные колебания уровня воды, которые равномерно распределяют кислород по всему водоёму. 1 В большинстве других глубоких озёр кислород проникает лишь на расстояние 100 м, тогда как в Байкале живые организмы существуют даже на глубине 1642 м. 1
• Эндемичная фауна. 1 Более 80% микроорганизмов, живущих в озере, являются эндемиками, то есть встречаются только здесь. 1 Среди них — эпишура, крошечный рачок, являющийся основным фильтром Байкала. 1 Кроме того, в озере обитают губки, моллюски и другие организмы, которые также способствуют очищению воды и переработке органических веществ. 1
• Чистота воды и низкая минерализация. 1 Это связано с тем, что в водоём впадает более 300 рек и ручьёв, несущих преимущественно пресную воду с горных склонов. 1