Башмачок крупноцветковый оказался под угрозой исчезновения из-за уменьшения естественных местообитаний и хаотичного сбора людьми. 2
Некоторые факторы, которые влияют на сокращение численности растения:
Башмачок крупноцветковый ещё в СССР был внесён в Красную книгу. 2 Для сохранения вида необходимы меры охраны, в том числе контроль за состоянием популяций и полный запрет на сбор растения. 4