Балтийское море считается экологически уязвимым регионом по нескольким причинам:

• Ограниченный водообмен и медленная циркуляция воды. 3 Это делает море особенно уязвимым к загрязнениям, обогащению питательными веществами и последствиям изменения климата. 3
• Человеческая деятельность. 2 В прибрежной зоне Балтийского моря расположено множество промышленно-индустриальных городов, что приводит к загрязнению морской воды, почвы и воздуха. 1
• Избыточное поступление в акваторию азота и фосфора. 4 Это происходит в результате смыва с удобряемых полей, с коммунальными стоками городов и отходами некоторых предприятий. 4 Высокие уровни азота и фосфора вызывают чрезмерное цветение водорослей, что приводит к истощению кислорода в более глубоких водах (эвтрофикация). 3
• Загрязнение воды нефтью. 4 С различными стоками в акваторию ежегодно попадают тысячи тонн нефти. 4 Плёнка нефти, которая покрывает поверхность водного зеркала, не пропускает кислород вглубь. 4
• Накопление тяжёлых металлов. 4 Ртуть, свинец, медь, цинк, кобальт, никель попадают в основном в воды Балтики с атмосферными осадками, остальная часть — при прямом сбросе в акваторию или с речным стоком бытовых и промышленных отходов. 4

Глобальное потепление климата усугубляет проблемы Балтийского моря: повышение температуры влияет на хрупкий баланс экосистемы, влияя на распределение видов, изменяя схемы миграции и усиливая процесс эвтрофикации. 3