Атласские горы считаются важным водосборным бассейном, потому что на них выпадает больше осадков, чем на хребтах южнее. 1 Это делает Средний Атлас важным источником воды для прибрежных равнин. 1

Кроме того, большое значение для питания водной сети и орошения полей имеют весенние воды от таяния снегов в горах. 2 Однако они расходуются очень быстро, и почти всё лето шотты и речные русла остаются сухими. 2

Также в высокогорных котловинах Высокого Атласа и Среднего Атласа расположены пресноводные озёра преимущественно карстового происхождения. 3 В восточной части Атласа в обширных межгорных котловинах находятся солёные озёра — себхи (Шотт-эш-Шерги, Шотт-эль-Ходна и другие). 3