Астрагал Клера считается редким растением по нескольким причинам:

• Ограниченная территория произрастания. 1 Астрагал Клера — эндемик Среднего и Южного Урала, встречается на ограниченной территории. 14
• Слабая экологическая пластичность и низкая конкурентоспособность. 14 Растению тяжело выживать в среде на скалах. 1
• Влияние антропогенных факторов. 14 На численность популяции влияют, например, рекреационное воздействие, степные и лесные пожары, застройка горно-степных участков. 4
• Малочисленность некоторых популяций. 1 Некоторые из исследованных популяций астрагала Клера крайне малочисленны (10–15 генеративных особей). 1

Из-за этих факторов астрагал Клера отнесён к уязвимым видам и занесён в Красные книги Российской Федерации, Республики Башкортостан и Челябинской области. 45