Агроэкосистемы подвержены высоким потерям биомассы из-за низкой замкнутости круговорота веществ, потому что ежегодно первичная продукция, производимая растениями (урожай), не поступает в цепи питания. 2
В результате уменьшается содержание органических и минеральных веществ в почве. 2 Это приводит к необходимости ежегодного внесения в почву удобрений как дополнительного источника веществ и энергии. 2
Кроме того, в агроэкосистемах обычно культивируется один или несколько видов растений, что приводит к сокращению численности и разнообразия животных и микроорганизмов, жизнь которых тесно связана с жизнью растений. 2
Также пищевые цепи в агроэкосистемах короткие и неразветвлённые, что делает круговорот веществ неустойчивым. 3 Если человек не будет ухаживать за агроэкосистемой (поливать, удобрять, пропалывать), то она разрушится. 3