Пиренейская выхухоль не вымерла, но её популяция находится под угрозой. 27

По данным исследований, за последние несколько десятилетий встречаемость вида в нескольких частях его ареала резко сократилась. 2 Главными угрозами для пиренейских выхухолей специалисты считают строительство дамб и гидроэлектростанций, а также забор воды для нужд сельского хозяйства. 7 Кроме того, эти зверьки страдают от распространения инвазивных видов, загрязнения, незаконной рыбалки с использованием сетей и взрывчатки, а также антропогенных изменений климата. 7

Международный союз охраны природы присвоил пиренейской выхухоли статус вымирающего вида (IUCN 3.1). 13