Одно юр. лицо может сдавать отчеты в ИФНС в разных передающих компаниях?

Да, одно юридическое лицо может сдавать отчёты в ИФНС в разных передающих компаниях. yandex.ru

Однако есть возможность централизованной сдачи отчётности, например, по НДФЛ за себя и свои подразделения в один налоговый орган. www.buhgalteria.ru Это возможно, когда организация находится на территории одного муниципального образования со своими обособленными подразделениями. www.buhgalteria.ru В таком случае можно представлять налоговую отчётность по НДФЛ и перечислять удержанные суммы НДФЛ в бюджет по месту учёта либо самой организации, либо одного из подразделений. www.buhgalteria.ru

Также, если налогоплательщик использует для сдачи отчётности несколько разных систем, он может направить в инспекцию уведомление, указав в нём одну систему, через которую хотел бы получать из инспекции требования об уплате налога, представлении пояснений и другие документы. www.buhonline.ru