Да, одно юридическое лицо может сдавать отчёты в ИФНС в разных передающих компаниях. 2

Однако есть возможность централизованной сдачи отчётности, например, по НДФЛ за себя и свои подразделения в один налоговый орган. 1 Это возможно, когда организация находится на территории одного муниципального образования со своими обособленными подразделениями. 1 В таком случае можно представлять налоговую отчётность по НДФЛ и перечислять удержанные суммы НДФЛ в бюджет по месту учёта либо самой организации, либо одного из подразделений. 1

Также, если налогоплательщик использует для сдачи отчётности несколько разных систем, он может направить в инспекцию уведомление, указав в нём одну систему, через которую хотел бы получать из инспекции требования об уплате налога, представлении пояснений и другие документы. 3