Закрывать ссылки в меню и футере в тег nofollow не рекомендуется. 15

Это связано с тем, что поисковая система не реагирует на перенос «веса» страницы на другой URL, и информация всё равно может проиндексироваться, несмотря на тег, а поведенческие факторы передадутся и так. 1

Активно закрывать внутренние ссылки на сайте в nofollow практически нет смысла, кроме случаев со служебными страницами или обдуманным перераспределением приоритетов. 5 Если выполнять такие действия необдуманно, можно «случайно» выкинуть из индекса полезные статьи или целый уровень иерархии страниц. 5

Однако есть мнение, что закрывать в nofollow имеет смысл внешние ссылки, и только на те ресурсы, которые имеют меньше траста, чем сайт. 1