Водный транспорт наносит серьёзный вред экологии. 15 Загрязнение происходит по двум основным направлениям: отходами эксплуатационной деятельности и токсичными грузами (обычно в результате аварий). 15

При нормальной работе водного транспорта главными источниками загрязнения среды являются судовые двигатели и вода, используемая для мытья грузовых танков, а также балластная вода. 1 Двигатели судов выбрасывают отработавшие газы в атмосферу, а уже оттуда токсичные вещества вновь попадают в воды гидросферы. 1

Основными загрязнителями гидросферы при работе водного транспорта являются нефть и нефтепродукты. 13 Промывочная вода, вместе с остатками груза, обычно сбрасывается за борт. 1

Аварийное загрязнение также опасно, так как на аварийные разливы приходится более половины сбросов углеводородов в гидросферу. 1

Водный транспорт оказывает и физическое воздействие на среду. 1 Суда являются источником шума, различных вибраций, находящаяся на них аппаратура формирует электромагнитные поля. 1 При быстром движении суда формируют волны, которые могут быть причиной гибели многих гидробионтов, в том числе потомства рыб. 1

Для снижения вредного воздействия водного транспорта на окружающую среду разрабатываются специальные меры и технологии, например, изменение скорости судов и использование экологически чистых видов топлива. 34