Да, можно учиться заочно (например, в магистратуре) и проходить альтернативную службу в армии РФ. 13

Граждане, проходящие альтернативную гражданскую службу (АГС), имеют право на обучение во внерабочее время в образовательных учреждениях по заочной или очно-заочной (вечерней) форме обучения. 34