Да, непосредственный руководитель может присутствовать на аттестации по знаниям, даже если у него идёт конфликтная ситуация со своими подчинёнными, если он назначен членом аттестационной комиссии. 1

В ходе заседания комиссия заслушивает непосредственного руководителя аттестуемого (тот кратко оценивает его профессиональные, деловые и личные качества), рассматривает представленные документы, задаёт вопросы для выявления уровня профессиональных знаний, проводит письменное тестирование уровня профессиональной подготовки и знаний каждого аттестуемого работника. 2

Однако можно заявить руководителю аттестационной комиссии о том, что в рамках комиссии есть лицо, которое может предвзято подойти к оценке. 1

Также стоит учитывать, что чтобы результат был объективным, не нужно включать в комиссию непосредственных руководителей аттестуемых сотрудников. 4