Роль простейших в биоочистке водоёмов заключается в том, что они поглощают из водоёмов коллоиды, взвеси и микробов, в том числе патогенных. 1 Например, одна инфузория за 1 час переваривает до 30 000 микробов. 1

Также простейшие служат пищей для мелких водных животных, что создаёт основу для пищевых цепей в водных экосистемах. 3 Многие моллюски, ракообразные, черви, мальки рыб, личинки, водяные насекомые питаются одноклеточными животными. 2

Кроме того, простейшие насыщают воду кислородом и уменьшают содержание углекислого газа. 2

Также простейшие выполняют функцию консументов по отношению к бактериям, омолаживая сообщество бактерий и стимулируя разрушение органического вещества бактериями. 4