Роль водной экологии в сохранении и восстановлении водных экосистем заключается в следующем:

• Изучение экологических процессов в водной среде. 2 Водная экология исследует взаимодействие гидробионтов, их популяций и сообществ между собой и с абиотическими компонентами водных экосистем, а также воздействие на эти процессы человека. 2
• Постановка практических задач: 2
• повышение биологической продуктивности водоёмов для получения из них наибольшего количества биологического сырья; 2
• разработка биологических основ обеспечения людей чистой водой, в том числе оптимизация функционирования экосистем, создаваемых для промышленной очистки питьевых и сточных вод; 2
• экспертная оценка экологических последствий зарегулирования, перераспределения и переброски стока рек, антропогенного изменения гидрологического режима озёр и морей; 2
• оценка вновь создаваемых промышленных, сельскохозяйственных и других предприятий для водных экосистем с целью охраны последних от недопустимых повреждений; 2
• мониторинг состояния водных экосистем. 2

Кроме того, водная экология помогает в восстановлении повреждённых, деградировавших или разрушенных экосистем, преимущественно с помощью активных хозяйственных мероприятий. 5