Река Неман играет важную роль в экосистеме Куршского залива, в частности:

• Обеспечивает приток воды. 5 Многочисленные ручьи и реки, впадающие в залив, обеспечивают ежегодный приток воды, который в 3,5 раза превышает текущий объём залива. 5 Благодаря постоянному поступлению речной воды уровень вод залива в среднем на 12 см выше уровня Балтийского моря, а сами воды сильно распреснены. 5
• Создаёт условия для роста и развития водной растительности. 5 Постоянный приток и ветровое перемешивание водных масс создают благоприятные условия для формирования нескольких типов сообществ. 5
• Позволяет обитателям лагуны жить одновременно с пресноводными и морскими животными. 4 Уникальный водный состав залива благодаря реке Неман располагает к такому сосуществованию. 4

Однако сток реки Неман также влияет на качество воды в заливе: из-за реки в него ежегодно попадает около 80 млн кубических метров загрязнённых промышленными, коммунальными и сельскохозяйственными объектами вод. 3