Джиллиан Андерсон поддерживает различные благотворительные организации и занимается гуманитарной работой. 24 Некоторые направления её деятельности:

• Помощь больным нейрофиброматозом. 23 Актриса является почётным представителем Ассоциации нейрофиброматоза. 34
• Поддержка молодёжного образования. 12 Джиллиан Андерсон — сооснователь Фонда молодёжного образования в целях устойчивого развития в Южной Африке. 2
• Защита прав детей. 5 Актриса — покровитель благотворительной организации Childreach International, которая работает в партнёрстве с местными сообществами для обеспечения основных прав детей. 5
• Поддержка женских организаций. 1 Джиллиан Андерсон — давний сторонник Фонда феминистского большинства. 2
• Защита прав коренных народов. 2 Актриса поддерживает организацию Survival International, которая защищает права коренных народов в мире. 2
• Поддержка прав животных. 34 Джиллиан Андерсон — активистка PETA и всесторонне поддерживает права животных. 34
• Борьба с устойчивыми методами рыболовства. 5 В 2013 году Андерсон присоединилась к кампании Fishlove, поддерживая борьбу с такими методами, которые наносят ущерб морской экосистеме. 5