Лотос занесён в Красную книгу из-за сокращения численности и нахождения растения под угрозой исчезновения. 15

Некоторые причины уменьшения популяции лотоса:

• Хозяйственная деятельность человека. 1 Освоение пойм рек, гидротехническое строительство, загрязнение воды, мелиоративные работы, применение удобрений — всё это ухудшает состояние естественных мест обитания лотоса. 1
• Сбор цветков и плодов, а также вылавливание со дна корневищ в декоративных и пищевых целях. 5
• Ухудшение природно-климатических условий. 1 Лотос плохо переносит дожди и паводки, ослабленные растения становятся уязвимыми для вредителей. 1
• Маловодье и нестабильное весенне-летнее половодье. 24 В холодной воде лотос начинает мёрзнуть, что тормозит цветение зарослей. 2