Особенности режима реки Вилюй:

• Преимущественно снеговое питание. 3 Незначительную долю (менее 20%) в естественных условиях составляют дождевые и грунтовые воды. 3
• Весеннее половодье проходит в третьей декаде мая — начале июня. 3
• Летняя межень прерывается дождевыми паводками. 3
• Зимой на реке устанавливается устойчивый ледостав. 3 Река замерзает в последней декаде октября, ледостав продолжается около 7 месяцев, вскрывается в третьей декаде мая, это сопровождается бурным ледоходом, но без образования сильных заторов. 3

Влияние режима реки на экосистему региона:

• Зарегулирование речного стока приводит к резким суточным колебаниям уровня воды в нижнем бьефе, что влияет на нерестовые зоны рыб. 4
• Попуски воды в конце июня — начале июля для обеспечения судоходства в нижнем бьефе значительно снижают уровень воды в водохранилище, что ведёт к обсыханию и гибели икры весенненерестующих рыб (щука, окунь и т.д.). 4
• Длительный ледовый период и связанные с ним изменения температурного режима воды вызывают сдвиг в сроках нереста и его продолжительности на более поздние сроки, что негативно влияет на весь ход развития отдельных периодов онтогенеза, особенно на его ранних этапах. 4