Климат в Зейском заповеднике умеренно-холодный, континентальный с чертами муссонного. 1 Средняя многолетняя температура воздуха: январь — -28,8 °С, июль — +19,7 °С. 2 Абсолютный минимум составляет -52,0 °С, максимум — +36,9 °С. 2 Среднее количество осадков — 515,2 мм, большая их часть выпадает в летний период. 2

Почвы в Зейском заповеднике представлены бурыми подзолистыми, гумусо-иллювиальными и тундровыми глеевыми грунтами. 4 Как правило, они маломощны, а мёрзлый слой образует водонепроницаемый горизонт, что способствует развитию процессов заболачивания. 1 В горной тундре (с высоты 1300 м) развиваются щебнистые торфянисто-подзолистые почвы. 1 Для лесного пояса типичны бурые лесные почвы. 1 Под замшелыми ельниками (высоты 750–800 м и более) залегают подзолистые гумусово-иллювиальные почвы. 1 В лежащем ниже поясе лиственничников формируются бурые лесные и бурые оподзоленные почвы. 1