Некоторые особенности экологии и природы на острове Майотта:

• Ландшафт. Майотта — остров вулканического происхождения, отличается низким гористым ландшафтом с старыми вулканическими кратерами. 23 Средняя высота острова — 500–600 м над уровнем моря. 2
• Климат. Майотта находится во влажной экваториальной климатической зоне. 2 Характерной особенностью является существование двух сезонов: дождливого и сухого, где муссоны влияют на распределение осадков. 2
• Флора. Большая часть территории острова была преобразована человеком. 2 Большую долю имеют плантации различных древесных и кустарниковых растений. 2 Естественная растительность состоит из тропических лесов с видами деревьев, частично и полностью теряющих листья в сухой сезон. 2 Есть много пальм, главным образом кокосового ореха. 2 На Майотте есть много видов полезных растений, таких как ваниль, кофейное дерево и сахарный тростник. 2
• Фауна. Фауна принадлежит к Мадагаскарской области, где обитает множество эндемичных видов. 2 В лесах живут обезьяны и многие виды птиц, включая морских птиц. 2 Прибрежные воды изобилуют ракообразными и рыбой. 2

Для сохранения природы на острове в 2010 году был основан Морской природный парк Майотты, который защищает коралловые рифы, заросли морской травы и мангровые заросли. 5 Для поддержки наземного биоразнообразия такие инициативы, как Ботанический сад Кокони и Обсерватория лагуны Майотта, сосредоточены на сохранении и изучении местной флоры и фауны. 5