Основные задачи аутэкологии:

• анализ различных форм и механизмов адаптаций организмов к среде; 1
• изучение питания и энергетики организмов, их размножения, плодовитости, циклов развития и адаптивных стратегий; 1
• исследование отношения к температуре, влажности, освещению, химизму среды и другим факторам; 1
• анализ особенностей поведения и биотопического распределения видов. 1

Также одна из задач аутэкологии — изучение механизмов реагирования организмов на различные варианты химического и физического загрязнения (включая радиоактивное загрязнение) среды. 24