Некоторые основные угрозы для биоразнообразия в современных агроэкосистемах:

• Эрозия почв. 1 Разрушает не только поля, но и природные экосистемы, приуроченные к неудобьям, окраинам полей. 1
• Фрагментация природных экосистем полями и элементами инфраструктуры. 1
• Деградация полуприродных пастбищ из-за перевыпаса скота. 1
• Эвтрофикация водоёмов смываемой с полей органикой и избытком удобрений. 1
• Загрязнение земель пестицидами и избыточными количествами минеральных удобрений. 1
• Беспокойство и уничтожение при сельскохозяйственных работах диких животных, адаптировавшихся к агроландшафту. 1
• Гидромелиорация (ирригация). 1 На севере сельскохозяйственного пояса приводит к уничтожению водно-болотных экосистем, на юге — к вторичному засолению орошаемых и подтопляемых земель. 1
• Истребление видов, рассматриваемых как вредители сельского хозяйства, включая виды, которые ранее наносили ущерб сельскому хозяйству, но в настоящее время стали редкими. 1
• Изменение характера облесения территории. 1 Сведение колочных и байрачных лесов приводит к нарушению гидротермического и ветрового режимов территорий, исчезновению богатого биоразнообразия. 1
• Проникновение из сельскохозяйственных угодий в природные экосистемы чужеродных видов, таких как различные сорные растения, врановые птицы, серая крыса. 1
• Уничтожение ключевых видов природных экосистем. 1

Кроме того, на биоразнообразие негативно влияет глобальное изменение климата, которое приводит к изменениям экосистем и частичной или полной утрате биологического разнообразия. 5