Каковы основные различия между стаей, отарой и табуном?

Основные различия между стаей, отарой и табуном заключаются в видах животных, к которым эти термины применяются:

• Стая — временная группа рыб или птиц, обычно одного вида, находящихся в сходном биологическом состоянии, активно поддерживающих взаимный контакт и координирующих свои действия. otvet.mail.ru Стая может состоять из особей одного или разных видов, разного пола и возраста. otvet.mail.ru
• Отара — стадо овец. multiurok.ru
• Табун — стадо лошадей, обычно диких или одичавших, а также домашних лошадей и пони, которые пасутся вместе. multiurok.ru www.ixbt.com

Таким образом, стая — более обобщённый термин, который может применяться к разным группам животных, отара и табун — названия конкретных групп, относящихся к определённым видам.