Каковы основные различия между нижними и надстрочными индексами в типографике?

Основное различие между нижними и надстрочными индексами в типографике заключается в их расположении:

• Нижние индексы отображаются на базовой линии или ниже неё. en.wikipedia.org
• Надстрочные индексы — выше обычной строки шрифта. en.wikipedia.org ru.ruwiki.ru

Некоторые области применения индексов:

• Нижние индексы часто используются в химических формулах. en.wikipedia.org
• Надстрочные индексы применяются, например, при записи математических и химических формул, в лингвистической литературе для указания тона слога или различных оттенков качества звука. ru.ruwiki.ru

Чтобы индексы визуально не отставали от остального текста, разработчики шрифтов делают их немного тяжелее (например, средним или жирным шрифтом). en.wikipedia.org