Основные функции и задачи Балтийской таможни:

• Регулирование внешнеэкономической деятельности и контроль перемещения товаров через границу. 3
• Проверка соблюдения законодательства в сфере таможенного дела, включая проверку документов и физический осмотр товаров. 3
• Оформление внешнеэкономических сделок. 3
• Сбор таможенных пошлин и налогов. 3
• Обеспечение бесперебойного оформления грузов, судов и пассажиров в крупнейшем порту России «Морской порт Санкт-Петербург». 25
• Борьба с нарушениями таможенного законодательства. 2 В частности, выявление контрабанды наркотиков, оружия, опасных веществ. 1
• Сохранение культурного наследия. 1

Также одна из задач таможни — совершенствовать таможенные операции и процедуры, чтобы ускорить и упростить процессы таможенного контроля, минимизировать издержки участников внешнеэкономической деятельности. 1