Основные экологические проблемы, с которыми сталкивается озеро Балхаш:

• Обмеление. 13 Происходит из-за уменьшения стока реки Или вследствие нерационального водопользования. 1 Также на процесс пересыхания водоёма влияет местный засушливый климат. 1
• Загрязнение. 13 В озеро попадают промышленные отходы горно-металлургического комбината, подземные стоки, по которым в Балхаш протекает содержимое промышленных отстойников и хранилищ, а также пыльные бури, сдувающие в озеро твёрдые частицы отходов производства. 1
• Повышение засолённости. 2 Вода из западной части озера, пополняемая стоками Или, перетекает в восточную, где испаряется, из-за чего в ней повышается концентрация солей. 2