Основные цели работы Карадагского заповедника: изучение состояния биоразнообразия, мониторинг наземных и водных экосистем, а также экологическое просвещение. 13

Некоторые направления деятельности заповедника:

• защита аквально-скального вулканического комплекса от воздействия человека; 4
• инвентаризационные исследования (изучение флоры и фауны); 4
• исследование подводной биоты, поведения дельфинов, способов их ориентации; 4
• популяризация экологических знаний благодаря музею и экскурсионной работе; 4
• профессиональная подготовка кадров, в основном специалистов-экологов. 4