Основные источники питания Онежского озера:

• Реки и ручьи. 5 Они приносят до 74% приходной части водного баланса (15,6 км³ в год). 24 Наиболее крупные впадающие реки: Шуя, Суна, Водла, Вытегра, Андома. 3
• Атмосферные осадки. 25 В среднем за год на поверхность озера выпадает около 600 мм осадков. 5

Ещё один источник потерь воды из озера — испарение с его водной поверхности. 5 За год величина испарения составляет слой толщиной около 400 мм, наибольшим оно бывает в тёплые летние месяцы. 5