Экологическое значение влажных тропических лесов и саванн на полуострове Кейп-Йорк заключается в их высоком биологическом разнообразии. 13

Влажные тропические леса по большей части являются девственными, с непропорционально высоким количеством видов растений и животных. 13 Например, в горах Мак-Илрейт и Айрон-Рейндж сосредоточены крупнейшие массивы тропических лесов, где произрастает более 1000 видов растений (в том числе 100 редких или находящихся под угрозой исчезновения), 16% всех видов орхидей, встречающихся в Австралии, и 200 видов бабочек, в том числе 11 эндемичных видов. 13

Тропические саванны на Кейп-Йорке занимают большие площади, в то время как в мире в целом они встречаются очень редко или же сильно деградировались. 1

Также экологическое значение имеют обширные заболоченные местности полуострова, которые являются одними из крупнейших, богатых и наиболее разнообразных в Австралии. 13 В них произрастают редкие растения и обитают рыбы, крокодилы и другие животные, прячущиеся от засухи. 13