Роль серого варана в экосистеме пустынных регионов Средней Азии заключается в том, что он уничтожает грызунов и насекомых, а около городов и посёлков сокращает численность ядовитых змей. 3

В рацион варана входят песчанки, тушканчики, суслики, полевки, мыши, ящерицы, мелкие черепахи, яйца птиц и черепах. 4 Часто в районах с колониями большой песчанки эти грызуны представляют основу питания этих ящериц. 4

Также вараны, живущие рядом с постоянными водоёмами, при случае поедают лягушек и пресноводных крабов. 1

Таким образом, серый варан играет важную роль в поддержании баланса в экосистеме пустынных регионов Средней Азии, регулируя численность различных видов животных.